A história da Lapa começou mesmo em 1561, depois que os jesuítas ganharam uma sesmaria na região, uma ampla área banhada pelo Rio Emboaçava, atual Rio Pinheiros. E durante três séculos, a região foi conhecida como "Emboaçava" – segundo a Wikipedia, base deste texto.

Os Jesuítas permaneceram na área e tinham a sua sede na chamada Fazendinha da Lapa até que, em 1743, os religiosos abandonaram o local, mudando para a Baixada Santista.

Já no final do século XIX, chegaram, ao bairro, famílias de diversas nacionalidades. Destacavam-se os tiroleses, vindos do norte da Itália e que eram agricultores. Anos mais tarde, vieram outros italianos, vindos da região de Veneza. Houve, também, imigração portuguesa, espanhola, francesa e sírio-libanesa - estes eram comerciantes, profissionais liberais, artesãos, sapateiros ou alfaiates.

A influência italiana no bairro é muito significativa, tanto que alguns logradouros do bairro têm designações que fazem referência à Itáli, e ao Império Romano, tais como: Roma, Coriolano, Cipião, dentre outros.

No século XX, o bairro se tornou industrial, através da construção da Estrada de Ferro São Paulo Railway e de suas oficinas, houve a implantação de indústrias como a Vidraria Santa Marina e os frigoríficos Armour, Bordon, Swift e Wilson. Estes estabelecimentos trouxeram operários e técnicos ingleses, croatas, lituanos, poloneses, russos e húngaros, que passaram a ser moradores do local e da Lapa de Baixo.

As indústrias baseavam-se na proximidade com o Rio Tietê, multiplicando-se ao longo dos anos. A Lapa tornou-se também um grande centro comercial, favorecido pela duas linhas férreas que cortavam e cortam o bairro até os dias de hoje.